Archivos en cuarentena

Hola amigos, yo soy nuevo aqui asi que intentare ser lo mas claro posible para que me digan si aqui hay solucion o me equivoque de foro. Hace un mes que mi hosting provider me comento que mi consumo de bandwith habia sido cada mes mas alto en los 3 pasados meses, y que aunque en su contrato pone que el usage del disco es infinito, que realmente no podia gastar tantos recursos o si no las otras personas que usaban mi mismo servidor (compartido) no iban a tener suficientes recursos. Aunque no me parecio nada justo, me he cambiado a un servidor (propio) para no tener problemas. Una vez que se ib a hacer la migracion, el proveedor de servicios hizo un escaner para comprobar que no habian viruses y archivos malignos, y mala suerte que encontraron mas de 4000+ y tuve que contratar a aguien para que me los limpiara todos antes de hacer el cambio de servidor. Ahora ya estan todos los archivos limpios y me hicieron el cambio se servidor, pero me dice el proveedor de servicios que tengo que ser yo mismo el que ponga los archivos en su sitio. Como comprenderan, al hacer el escaner y poner mas de 4000+ archivos en una sola carpeta de cuarentena, ahora para mi es imposible poner cada archivo uno por uno en su ubicacion (tengo un documento .txt donde dice la ubicacion antigua y nueva de cada archivo). Mi pregunta es, habria algun pluging, codigo ssh o una solucion para hacer esto y no tener que hacerlo manualmente uno por uno? Yo no tengo nada de idea de escribir codigo, solo manejo el cpanel y al WHM y muy poco de SSH. Siento este mensaje tan largo y espero que alguien me pueda ayudar. Gracias.