Sub dominio en VPS como host name

Buenas amigos. Tengo una duda o ignorancia o las 2 combinadas, he tratado de buscar informaci"n pero no encontr" ning"n dato relevante o similar a lo que busco. Les explico mi problematica. Tengo el dominio ejemplo.com en un VPS cullo hostname es vps01.ejemplo.com. Teniendo en cuenta esto tengo 2 vps mas para hostear otros servicios y aplicaciones. los cuales les puse de hostname vps02.ejemplo.com y vps03.ejemplo.com que apunte modificando el registro A. el problema que tengo es que no puedo lograr que Let's Encrypt instale el certifica o que me genere uno valido ya que todos los emails enviados se han a hacer a nombre del hostname. solo me permite el firmado por cpanel. la idea es que cada uno quede como: ejemplo.com dominio principal en una cuenta del hostname es vps01.ejemplo.com vps02.ejemplo.com vps03.ejemplo.com es posible no es posible, que estoy haciendo mal para no poder generar un certificado correctamente